Considerando se o trajeto indicado no mapa e levando em conta uma sobreposição aos principais Domínios Morfoclimáticos da América do Sul e as faixas de transição entre eles, definidos pelo geógrafo Aziz Ab'Sáber, pode-se identificar a seguinte sequência de Domínios, do Brasil ao Peru:

Segundo o mapa, a Ferrovia transoceânica sairia do Brasil, da região sudeste, passando por Rio de Janeiro e Minas Gerais. De acordo com a classificação elaborada por Aziz Ab'Saber sobre os domínios morfoclimáticos do Brasil, o trecho em destaque passaria pelo domínio dos Mares de Morro, que se estendem por toda a faixa litorânea oriental do país. Seu nome deriva da aparência das formas de seu relevo, formado por morros arredondados (também chamados de mamelonares). Essa característica pode ser vista na Serra do Mar, por exemplo. Posteriormente, a Ferrovia entraria nos Cerrados, passando pro Goiás e Mato Grosso. Predominante da região Centro-Oeste, esse domínio já perdeu 48,8% da sua cobertura vegetal original, em decorrência da ocupação do interior e do avanço da soja e do gado. A Ferrovia entraria, então, no domínio Amazônico. Localizado em sua maior parte na região norte do Brasil, esse domínio apresenta uma grande variedade de espécies animais e vegetais, e é possível identificar três diferentes extratos na distribuição da vegetação: igapó, mata de várzea e mata de terra firme. Por fim, a Ferrovia cruzaria a fronteira com o Peru, adentrando os Andes Equatoriais.